$ perl -Mstrict -Mwarnings -E '
    use Data::Dumper;

    my %data = (
        A => {
            a => {f => 1, g => 1, h => 1},
            b => {i => 1},
            c => {j => 1, k => 1},
        },
        B => {
            d => {l => 1, m => 1},
            e => {n => 1},
        },
    );

    for my $key (keys %data) {
        my $count = 0;
        map { $_ = ++$count for values $data{$key}{$_} } keys $data{$key};
    }
    print Dumper \%data;
'
$VAR1 = {
          'B' => {
                   'e' => {
                            'n' => 1
                          },
                   'd' => {
                            'l' => 2,
                            'm' => 3
                          }
                 },
          'A' => {
                   'b' => {
                            'i' => 1
                          },
                   'a' => {
                            'h' => 2,
                            'g' => 3,
                            'f' => 4
                          },
                   'c' => {
                            'j' => 5,
                            'k' => 6
                          }
                 }
        };