if ($split_seq_to_examine[$j] eq 'A') {$count_A[$j]++;}
        elsif ($split_seq_to_examine[$j] eq 'T') {$count_T[$j]++;}
        elsif ($split_seq_to_examine[$j] eq 'C') {$count_C[$j]++;}
        elsif ($split_seq_to_examine[$j] eq 'G') {$count_G[$j]++;}
        elsif ($split_seq_to_examine[$j] eq '-') {$count_non[$j]++;}