perl -nle 'tr/a-z/A-Z/;$l=length();for $m(3..$l){for $c(0..($l-3)){last if $m+$c>$l;$f=substr($_,$c,$m);($r=reverse($f))=~s/s+//g;print "$.\t$_\t$c\t$m\t$f" if ($f eq $r);}}' example | more

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1	TTTATCGGTCGTTATATAGATGTTTGCA	0	3	TTT
1	TTTATCGGTCGTTATATAGATGTTTGCA	2	3	TAT
1	TTTATCGGTCGTTATATAGATGTTTGCA	12	3	TAT
1	TTTATCGGTCGTTATATAGATGTTTGCA	13	3	ATA
1	TTTATCGGTCGTTATATAGATGTTTGCA	14	3	TAT
1	TTTATCGGTCGTTATATAGATGTTTGCA	15	3	ATA
1	TTTATCGGTCGTTATATAGATGTTTGCA	17	3	AGA
1	TTTATCGGTCGTTATATAGATGTTTGCA	20	3	TGT
1	TTTATCGGTCGTTATATAGATGTTTGCA	22	3	TTT
1	TTTATCGGTCGTTATATAGATGTTTGCA	12	5	TATAT
1	TTTATCGGTCGTTATATAGATGTTTGCA	13	5	ATATA
1	TTTATCGGTCGTTATATAGATGTTTGCA	16	5	TAGAT
1	TTTATCGGTCGTTATATAGATGTTTGCA	21	5	GTTTG

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# echo "TTTATCGGTCGTTATATAGATGTTTGCA" | perl -ne ...