C:\test>head -3 1.dat 01 01 01 01 01 01 02 02 02 02 02 02 03 03 03 03 03 03 C:\test>head -3 2.dat A A A B B B C C C C:\test>perl -nle"printf "%s",join qq[\t],split(' ',$_),do{(my$t=)=~tr/ //d;split'',$t};" <1.dat 2.dat A A A 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 B B B 0 2 0 2 0 2 0 2 0 2 0 2 C C C 0 3 0 3 0 3 0 3 0 3 0 3 D D D 0 4 0 4 0 4 0 4 0 4 0 4 ...