my $genomepair =   $genome[$i] . $genome[$i+1];

if (      $genomepair eq 'aa' ) { ++$tt; }
elsif (   $genomepair eq 'ag')  { ++$ag; }
elsif (   $genomepair eq 'ac')  { ++$ac; }
elsif (   $genomepair eq 'at')  { ++$at; }
elsif (   $genomepair eq 'ta')  { ++$ta; }

...