if (($genome[$i] eq 'a') && ($genome[$i+1] eq 'a')) { ++$tt; } elsif (($genome[$i] eq 'a') && ($genome[$i+1] eq 'g')) { ++$ag; } elsif (($genome[$i] eq 'a') && ($genome[$i+1] eq 'c')) { ++$ac; } elsif (($genome[$i] eq 'a') && ($genome[$i+1] eq 't')) { ++$at; } elsif (($genome[$i] eq 't') && ($genome[$i+1] eq 'a')) { ++$ta; } elsif (($genome[$i] eq 't') && ($genome[$i+1] eq 'g')) { ++$tg; } elsif (($genome[$i] eq 't') && ($genome[$i+1] eq 'c')) { ++$ga; } elsif (($genome[$i] eq 't') && ($genome[$i+1] eq 't')) { ++$tt; } #### if ($genome[$i] eq 'a') { if ($genome[$i+1] eq 'a') { ++$tt; } elsif ($genome[$i+1] eq 'g') { ++$ag; } elsif ($genome[$i+1] eq 'c') { ++$ac; } elsif ($genome[$i+1] eq 't') { ++$at; } } elsif ($genome[$i] eq 't') { if ($genome[$i+1] eq 'a') { ++$ta; } elsif ($genome[$i+1] eq 'g') { ++$tg; } elsif ($genome[$i+1] eq 'c') { ++$ga; } elsif ($genome[$i+1] eq 't') { ++$tt; }