#!/usr/bin/perl -w
$seq = $ARGV[0];
if (
# test1
  $seq =~ /\w{0,2}TGCATGCATGCATGC/ or
  $seq =~ /A\w{0,2}GCATGCATGCATGC/ or
  $seq =~ /AT\w{0,2}CATGCATGCATGC/ or
  $seq =~ /ATG\w{0,2}ATGCATGCATGC/ or
  $seq =~ /ATGC\w{0,2}TGCATGCATGC/ or
  $seq =~ /ATGCA\w{0,2}GCATGCATGC/ or
  $seq =~ /ATGCAT\w{0,2}CATGCATGC/ or
  $seq =~ /ATGCATG\w{0,2}ATGCATGC/ or
  $seq =~ /ATGCATGC\w{0,2}TGCATGC/ or
  $seq =~ /ATGCATGCA\w{0,2}GCATGC/ or
  $seq =~ /ATGCATGCAT\w{0,2}CATGC/ or
  $seq =~ /ATGCATGCATG\w{0,2}ATGC/ or
  $seq =~ /ATGCATGCATGC\w{0,2}TGC/ or
  $seq =~ /ATGCATGCATGCA\w{0,2}GC/ or
  $seq =~ /ATGCATGCATGCAT\w{0,2}C/ or
  $seq =~ /ATGCATGCATGCATG\w{0,2}/ or
  $seq =~ /ATGCATGCATGCATGC\w{0,2}/ or
  $seq =~ /ZZZ/) {
    $match=$&;
    $name = "test1";
    $matchlength=length($match);
    $firstpos=index($seq,$match);
    print "$name, $match, $matchlength, $firstpos \n";
    print "Got it!\n";
} elsif (
# test2
  $seq =~ /\w{0,2}TGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /A\w{0,2}GC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /AT\w{0,2}C[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATG\w{0,2}[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC\w{0,2}ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]\w{0,2}TGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]A\w{0,2}GC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]AT\w{0,2}C[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]ATG\w{0,2}[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]ATGC\w{0,2}ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]\w{0,2}TGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]A\w{0,2}GC[ATGCN]ATGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]AT\w{0,2}C[ATGCN]ATGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATG\w{0,2}[ATGCN]ATGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC\w{0,2}ATGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]\w{0,2}TGC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]A\w{0,2}GC[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]AT\w{0,2}C[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATG\w{0,2}[ATGCN]/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC\w{0,2}/ or
  $seq =~ /ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]ATGC[ATGCN]\w{0,2}/ or
  $seq =~ /ZZZ/) {
    $match=$&;
    $name = "test2";
    $matchlength=length($match);
    $firstpos=index($seq,$match);
    print "$name, $match, $matchlength, $firstpos \n";
    print "Got it!\n";
} elsif (
"false"){
}