#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $str = do {local $/; }; $str =~ s/\s+//g; my $len = length $str; while (--$len > 780) { while ($str =~ /(.(?=.{$len}))/g) { print pos, "$1\n"; } pos = 0; } __DATA__ CAATATGCGAGGGACCTACATGTTGAGCATGACAATGAATTCTATTGAAAAAAAGAGTTG GAAGTATATACGAATATAAATAATGTGAAACAAAAGAAGAAAAGTGAATAAAAGGCACTT AAGACGCTATCCAATTGTGTATGAGAAGTGCAAACTCAATTTTTTTGCAAAAGACTTTTC TCAAACCTTTAATTGATGCGTTCCGTTCATACATCAACCGCGTCCCATACGTTTCGAAGA AAATTGCCTATATGTGTTATTTACATACTAGAGATATTTTAATATTGAAACAGTTGTATT TCTATTGTAATTACTATCTAAACGTCTCGTCCCACCGCTGTTGATAAAGCGGTGCCAATA TAATTTATAATCACGCCTGGGTAAATGACTTTTAATTTCTTAAATCATCGAAGTATGCGA AAACAAGAAGTCTTTATTCATAATAAAAAACAAATTCGGTTACTACGACTTTTATATGTC ATTCAATATTTGGTAATAATTTTACAGTATTAACCCTATCCTCATCTGATTCACTCTCTT CTAATTGCATATATTTTCAAATTCGCTTTCAGCGCTGTACAAAACCAGTAAGCAGATCTC GTACGAAGACTCAAATAAGTTGCATTGTTCGTATTCAAGGAAACCGGGGGGCAAAATTTC CAACCATATTTAAGTATGACAATATTTCCAAGTCAAGGATGCATGCTGTTCTTCTCTTCA TTAACTAGCTAACCAATTAGCTGAACGGCTTTGTATTTTACTTAACATATTGTCTATTGC ATAAAAAACCACTATTCAGC