if    ($genome [$i] eq 'a') {
    if    ($genome [$i + 1] eq 'a') {$aa ++}
    elsif ($genome [$i + 1] eq 'c') {$ac ++}
    elsif ($genome [$i + 1] eq 'g') {$ag ++}
    elsif ($genome [$i + 1] eq 't') {$at ++}
}
elsif ($genome [$i] eq 'c') {
    if    ($genome [$i + 1] eq 'a') {$ca ++}
    elsif ($genome [$i + 1] eq 'c') {$cc ++}
... etc ...