#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $file = <<EOF;
TCONS_00000047 XLOC_000039
TCONS_00000718 XLOC_000456 
TCONS_00000938 XLOC_000610
TCONS_00004086 XLOC_002872
TCONS_00004252 XLOC_003003
TCONS_00004975 XLOC_003624
TCONS_00004976 XLOC_003624
TCONS_00005492 XLOC_004020
EOF

open my $fh, "<", \$file;

my $slurp; do {local $/; $slurp = <$fh>};

my %hash = split ' ', $slurp;

use Data::Dumper; print Dumper \%hash;