$ cat 938725.pl
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my @search = ('GCGAT','CACGT');

# build regexes
my @newsearch;
push @newsearch, "^".join("", map { "[N$_]" } split //,$_) for @search;

while (<DATA>) {
    print "$.: $_";
    for my $t (@newsearch) {
        print "MATCH for /$t/\n" if /$t/;
    }
}
__DATA__
GNGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
GCGANBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
CNCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN