$ perl -Mstrict -Mwarnings -E '
my @input = qw{
    xxxxxx.2013-2.yyyyy
    xxxxxx.2012-51.yyyyy
    xxxxxx.2013-10.yyyyy
    xxxxxx.2012-50.yyyyy
    xxxxxx.2013-1.yyyyy
};
say $_->[0] for sort { $a->[1] <=> $b->[1] or $a->[2] <=> $b->[2] }
    map { [ $_, split /-/, (split /\./)[1] ] } @input;
'
xxxxxx.2012-50.yyyyy
xxxxxx.2012-51.yyyyy
xxxxxx.2013-1.yyyyy
xxxxxx.2013-2.yyyyy
xxxxxx.2013-10.yyyyy