int seqDiff ( SV *s1, SV *s2 ) {
    STRLEN bytes1, bytes2;
    char *p1, *p2;
    int i;

    p1 = SvPV( s1, bytes1 );
    p2 = SvPV( s2, bytes2 );
    if( bytes1 != bytes2 ) return 0;

    for( i = 0; i < bytes1; ++i ) {
        if( p1[ i ] != p2[ i ] && p1[ i ] != 'N' && p2[ i ] != 'N' ) {
            return 0;
        }
    }
    return 1;
}