my $genome = $genome[$i]; my $genome1 = $genome[$i+1]; if ( ($genome eq 'a') && ($genome1 eq 'a')) { ++$tt; } elsif ( ($genome eq 'a') && ($genome1 eq 'g')) { ++$ag; } elsif ( ($genome eq 'a') && ($genome1 eq 'c')) { ++$ac; } elsif ( ($genome eq 'a') && ($genome1 eq 't')) { ++$at; } elsif ( ($genome eq 't') && ($genome1 eq 'a')) { ++$ta; } ...